Secondo le leggende tradizionali, l'Impero giapponese sarebbe stato fondato nel 660 a.C. dall'imperatore Jimmu tenno, discendente dalla dea Amaterasu. In realtà, non si trova menzione di un vero e proprio Stato nel territorio dell'arcipelago in un periodo anteriore ai primi secoli dell'era volgare.

Gli archeologi non hanno finora scoperto alcuna traccia evidente dell'esistenza di una civiltà paleolitica nell'arcipelago, ma sono generalmente d'accordo nel riconoscere due culture neolitiche, la più recente delle quali si collocherebbe intorno agli inizi dell'era volgare.

Il periodo protostorico, compreso tra gli inizi del II sec. d.C. e la metà del V, non interessa che la metà meridionale dell'arcipelago: i grandi progressi compiuti in queste regioni (specialmente l'uso dei metalli) sono la conseguenza dei contatti sempre più frequenti con la Cina, dapprima attraverso gli Stati coreani, già sinizzati.

Nei testi cinesi si trova per la prima volta menzione dell'esistenza di una confederazione di "regni" abitati da un popolo intelligente, bellicoso e organizzato in clan a struttura fortemente gerarchica.

Alcuni clan erano stabiliti nella parte settentrionale di Kyushu, altri sulle coste del mare interno: uno di questi ultimi, che agli inizi del V sec. dominava la regione di Yamato, elevò il suo capo alla dignità di Supremo Augusto Imperatore (Sumera no Mikoto) e iniziò a costruire nella pianura di Nara uno Stato accentrato sul modello continentale (riforma di Taikwa, 646 d.C.).