Il Giappone, si estende per 20° in latitudine qundi presenta una grande varietà di vegetazione che, procedendo da Nord a Sud, passa da una temperatura subartica fredda e temperata, ad una calda temperata subtropicale.
Il 70% del territorio è ricoperto dalla foresta, quindi il giappone resta la seconda nazione al mondo per l'estenzione forestale, seconda solo alla Finalandia.

Le piante sono delle più svariate, nell'isola di Kyushu ad esempio si trovano piante subtropicali sempreverdi come quercie, camelie e magnolie mentre nelle isole Ryu Kyu si trovano piante della foresta tropicale umida sempreverde Nelle zone di media montagna di Honshu e nelle zone costiere occidentali di Hokkaido, ci sono foreste temperate di latifoglie a foglia caduca, come querce, faggi e aceri, alle quali subentrano, rispettivamente nelle zone montuose di Honshu e nelle zone costiere orientali di Hokkaido, foreste boreali di conifere con abeti bianchi e rossi. Nelle zone montane più elevate di Honshu e di Hokkaido, si estendono foreste di conifere, in certi luoghi mischiate a frassini e betulle con un fitto sottobosco.

Le zone in cima alle catene montuose non presentano, come in Europa, prati e pascoli ma sono caratterizzate da una vera e propria boscaglia, dove la specie più diffusa è il Pinus Pimilla.

Ad altezza fra i 400 e 1500 metri si trova spesso la brughiera tipica giapponese, la cosidetta hara, un insieme di cespugli di bambù nano, cuscini erbosi, piante erbacee, arbusti e felci, che non forma una copertura vegetale continua ma lascia esposta la superficie del terreno all'erosione.