Il miglioramento del sistema di comunicazioni è uno dei problemi fondamentali, che condizionano l'ulteriore sviluppo dell'economia industriale giapponese. I collegamenti sono più efficienti nel più popolato sud e nelle regioni costiere, mentre in Hokkaido e nell'Honshu settentrionale le reti di comunicazione sono molto più larghe.
Un'altro problema è dato dal traffico pendolare nella zona fortemente industrializzata e dal sovraccarico delle infrastrutture di comunicazione in determinati periodi dell'anno.
La natura montuosa del paese impone ostacoli ai collegamenti fra molti centri abitati e rende molto costoso il potenziamento del sistema delle comunicazioni.
Di difficile accesso sono anche molti porti secondari situati nei delta alluvionali dei fiumi: a causa della poca profondità dei canali possono essere raggiunti solo da piccole imbarcazioni.

La rete stradale, al confronto con quella di altri paesi industrializzati, è poco efficiente e poco adatta al traffico di autobus e autocarri. L'ingresso nelle autostrade non è infatti consentito a mezzi con rimorchio, ad esempio ad auto che trasportano carrelli, roulotte, barche.

Il percorso di numerosi collegamenti stradali di lunga distanza e delle linee ferroviarie segue il sistema viario il cui impianto risale al periodo successivo alla riforma di Taika (645 d.C.) e che, nel periodo Tokugawa, fu trasformato in rete per i collegamenti postali, per unire e colonizzare il paese.
Il potenziamento delle reti stradale e ferroviaria impegna ingenti capitali: la conformazione montuosa del territorio implica dispendiose opere di ingegneria, come gallerie e ponti. I ponti, in particolare, devono essere costruiti con speciali accorgimenti per proteggerli dalle piene (frequenti nella stagione dei monsoni) e dai terremoti.

La costruzione della rete stradale fu preceduta dallo sviluppo della rete ferroviaria, più economica e veloce nello smaltire un maggior numero di traffici. Le ferrovie e le strade più trafficate sono quelle che collegano le città della costa orientale del Mare Interno con quelle della baia di Tokyo. Un'altra linea di comunicazione altamente trafficata, a causa soprattutto del movimento dei passeggeri pendolari, è quella che congiunge Tokyo con Niigata, cioè i due principali poli di sviluppo della costa orientale e occidentale.

Il primo tronco ferroviario fu costruito nel 1872 fra Yokohama e Tokyo; nel 1887 la linea raggiunse Osaka e in seguito fu prolungata fino a raggiungere il Kyushu. Su questa linea, che corre lungo la costa del Mare Interno, e su quella che collega Tokyo alla costa occidentale, transita la maggior parte dei treni. Sul tratto che va da Fukuoka (Kyushu) a Chiba (a est di Tokyo) si registra un'intensità di movimento di merci che trova riscontro in pochi altri luoghi della Terra. A ciò si deve aggiungere anche il movimento dei passeggeri, specialmente fra Kobe, Osaka e Gifu (Nagoya) e fra Yokohama e Chiba attraverso Tokyo.

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