L'arcipelago giapponese si leva proprio sopra le linee di congiunzione di due e più placche della crosta terrestre. Dall’assetto assai instabile, è un territorio cosparso di vulcani: per la precisione se ne contano 256, di cui una sessantina sono attivi. Una dozzina di vulcani attivi si trovano in Hokkaido (l'isola settentrionale); gli altri sono distribuiti nella isole di Honshu (la maggiore), che ne ha oltre trenta, e nell'isola meridionale del Kyushu (una diecina); l'isola di Shikoku è priva di vulcani. Recenti eruzioni sono ricordate per il Tokachi in Hokkaido, per il Bandai e lo Asama nello Honshu, e per alcuni vulcani del Kyushu. Al vulcanesimo è collegato il fenomeno caratteristico delle sorgenti calde, di cui in Giappone ne esistono circa duemila. La stragrande maggioranza sono ricche di alberghi e stabilimenti termali, ma ne esistono ancora di prettamente naturali in luoghi difficilmente accessibili tra le montagne o in tratti solitari delle coste, specie nelle isole minori.

L'acqua calda naturale fu considerata dagli antichi Giapponesi sacra e purificatrice ed è nella frequentazione delle sorgenti calde che bisogna cercare le radici di quell'autentica ossessione che hanno i Giapponesi per la pulizia e per i bagni. La maggioranza delle case giapponesi è fornita di bagno, e chi non ce l'ha si reca regolarmente presso uno dei tanti bagni pubblici (sento), diffusi ovunque.Caratterizzato da una forte sismicità, poche sono le zone dell'arcipelago giapponese dove i terremoti siano sconosciuti o veramente rari. Tra queste, per fortuna, la valle di Kyoto, dove sono potuti sopravvivere intatti monumenti ormai millenari, e il bacino di Nara. Molto più instabile è invece il territorio dove si trovano Tokyo e Yokohama, dove si sono registrati terremoti disastrosi circa ogni ottanta anni. L'ultimo si ebbe nel 1923, e lasciò sul terreno oltre centomila morti.
Nel gennaio 1995 un fortissimo terremoto colpì la città di Kobe, causando oltre seimila morti; la zona non era ritenuta particolarmente sismica. Caratteristici dei mari giapponesi sono anche quei fenomeni di sismicità marina che vanno sotto il nome giapponese di tsunami, con cui si indicano le altissime onde di maremoto che possono produrre danni molto rilevanti lungo le coste.