La catena montuosa che attraversa il Giappone lo divide in due zone climatiche principali: una dalla parte del Pacifico e l'altra dalla parte del Mar del Giappone.
Le regioni settentrionali e occidentali risentono dell'influsso delle correnti d'aria polari marittime e continentali; le regioni meridionali sono esposte alle correnti d'aria tropicale marittime (dal Pacifico) o continentali (dal Sud della Cina).

Le regioni settentrionali e occidentali d'inverno, restano coperte da spesse coltri nevose. Nell'isola di Hokkaido le estati sono asciutte e le precipitazioni sono relativamente scarse. Invece Akita, sulla costa occidentale, è raggiunta d'estate dall'aria umida e d'inverno da masse d'aria polari e umide in movimento verso sud. La costa occidentale dell'arcipelago, da Niigata a Hamada, d'inverno ha un clima freddo e umido, con precipitazioni in tutto l'arco dell'anno.

Sulle coste nord-orientali l'inverno è fresco e relativamente asciutto. A Sud di Tokyo le temperature di gennaio non si abbassano al di sotto dei 5°C e le estati sono molto calde e umide. Qui le temperature medie annue sono superiori di una decina di gradi a quelle che si registrano nell'isola di Hokkaido.

Il Sud di Honshu e il Nord di Kyushu hanno un clima sempre umido, con precipitazioni medie annue di 2000 mm, con punte massime nella stagione calda estiva. Le regioni circostanti il Mare Interno sono invece relativamente asciutte.

Si dice che il Giappone abbia in realtà 5 stagioni: subito dopo la primavera e prima dell'inizio dell'estate c'è infatti il "periodo delle pioggie". Da metà giugno a metà luglio quasi tutti i giorni piove abbondantemente, soprattutto nell'Honshu centrale. Proprio in questa regione l'estate è terribilmente calda e afosa, un vero e proprio clima tropicale, che si conclude verso metà settembre con il ritorno delle pioggie e il pericolo dei tifoni.

I mesi ideali per visitare il Giappone sono marzo, che offre il bellissimo spettacolo dei sakura (fiori di ciliegio) e novembre, quando il clima è fresco e secco.